堆积是酱香型白酒独有的生产工艺，在堆积过程中网罗微生物，并在堆上培养，故称其为二次制曲。高温堆积是酱香型白酒的重要过程，将原料或酒醅在加入大曲拌匀后，收拢成堆，温度约30℃，堆积4~5天待堆顶温度达45~50℃，堆中酒醅有香甜味和酒香味时，方可入窖发酵，所以堆积既是再一次网罗微生物为窖内发酵创造条件的过程，也是产酒产香的发酵阶段。

霉菌类数量在堆积初期比酵母菌类多，但随着堆积时间延长，除堆下可能因温度较低氧含量相对较多而使霉菌略有增长外，其余各点均呈下降趋势，特别是堆心，可能因为含氧量相对最少，中后期几乎检测不到霉菌。在对各轮次堆积的霉菌研究发现，各轮次堆积糟醅间除堆积时间因季节变化有差异外，霉菌种群数量都不高。

总体变化趋势表现为堆积表层的霉菌数量稍多，堆心极少，但数量略有降低。堆积过程中霉菌类群主要以曲霉类和根霉类为主，以堆积表层最多，然而堆积过程中主要以酵母和细菌为主，数量占微生物总数的99%左右，可能由于酵母和细菌在数量上占有绝对优势，因此霉菌的生长繁殖受到了极大限制，霉菌的数量也就较少。