浓香型大曲经过蒸馏的酒醅出甑放置于晾至接近入窖温度时，加入经培菌后的料醅，撒入20%~22%的大曲粉，翻拌均匀，低温入泥窖发酵，发酵时间为50d左右。

浓香型大曲以小麦为制曲原料，酿酒发酵与各类微生物的分布、消长变化密不可分，微生物的变化对发酵途径及最终产物的生成有着重大的影响，在很大程度上奠定了酒的香味特征。浓香型酒经过多年的稳定生产，使生产环境、空气、窖泥、大曲中微生物群系分布形成了固有的微生物区系，它是浓香型酒发酵微生物的主要来源。浓香型酒独特的风格，与其空气、窖泥、酒曲中存在的微生物有着重要的关系。

浓香型酒发酵窖池为优质泥窖。四川泸州有最优质的土壤，其铁、钙的含量低，质地细腻、黏度较高、持水性强，是特有的生产优质窖泥的优选泥种。其优质窖泥的有效成分含量丰富、比例谐调，非常适合窖泥功能菌的生长繁殖。泥窖发酵对浓香型酒起到了很好的调节和增香作用，使其具有浓郁的香气。