传统白酒纯种根霉曲是目前使用量较大的小曲，在南方很普遍。它是采用纯种培养技术，将根霉和酵母在麸皮上分别培养后再混合配制而成。我国利用根霉酿酒的历史源远流长。但长期以来，对根霉的利用始终停留在混菌培养生产的各种小曲上。制造小曲多以上等大米为原料，配以数十种中药材，生长周期长，曲箱温度不易管理1，酿酒淀粉利用率较低。新中国成立后，中国科学院微生物研究所等单位，收集了全国各地有名的小曲百余种，对其主要糖化酶——根霉进行了系统的分离鉴定，获得了许多优良的根霉菌株，并在全国推广应用。

以麸皮为原料生产纯种根霉曲，不仅节约了大量的上等白米和中药材，而且可大幅度提高原料出酒率，这是小曲生产技术的进步。